Es Profesor Titular de Organización de Empresas en el Departamento de Dirección de Empresas "Juan José Renau Piqueras", de la Facultad de Economía en la Universitat de Valencia. Es fundador e investigador principal del Instituto para la Ética en la Comunicación y las Organizaciones (el IECO), y Director de la Cátedra de Ética Empresarial IECO-UV.
Cofundador del Consorcio de Centros de la Asociación Internacional de Dirección de Empresas Humanista (Humanistic Management). Senior Fellow del Instituto Abigail Adams en Cambridge, Massachusetts. Manuel es actualmente Profesor Visitante Afiliado al Programa de "Human Flourishing" de la Universidad de Harvard, donde es además el Representante del Programa de Becas de la Universitat de Valencia en Harvard.
Durante ocho años fue el Secretario General de la rama española de la Red Europea de Ética Empresarial (EBEN-España). Ha sido investigador visitante en el Programa de Doctorado del IESE en Barcelona. Profesor Visitante en la Universidad de St. Thomas en Minnesota; en la Universidad de Notre Dame, en Indiana; en el Centro Hoffman de Ética de los Negocios de la Universidad de Bentley, en Massachusetts y en la Universidad de Harvard, en Massachusetts. 
El profesor Manuel Guillén imparte docencia de Dirección General, Comportamiento Organizativo y Ética Profesional, y está especializado en el área de motivación, liderazgo y confianza en las organizaciones. En los últimos años ha actuado activamente como asesor y colaborador de numerosas organizaciones de la sociedad civil en España y los Estados Unidos.