Doctor en Derecho de la Universidad Alfonso X El Sabio, magíster en Derecho Administrativo de la Universidad del Rosario, experto en Contratos del Sector Público por la Universidad de Deusto. Se ha desempeñado como secretario general del Ministerio de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones -MinTIC- , secretario general de la Superintendencia de Industria y Comercio, magistrado auxiliar de la Sección Tercera del Consejo de Estado, subsecretario de Planeación Distrital de Bogotá y jefe de la Oficina Jurídica del Ministerio de Relaciones Exteriores.

Docente titular de pregrado, en la cátedra de contratación estatal de la Universidad del Rosario en la Facultad de Jurisprudencia y en la especialización de Derecho Administrativo de la misma entidad.

Juan David Duque Botero fue nombrado director de Colombia Compra Eficiente el 15 de septiembre de 2017 (Decreto 1532 de 2017).