Fernando Flores es profesor titular de Derecho Constitucional y miembro del Instituto de Derechos Humanos de la Universitat de València. 
Diplomado en Derecho constitucional, Ciencia política y Relaciones internaciones por el Centro de Estudios Constitucionales de España. Diplomado en Altos Estudios de la Defensa, por el Centro Superior de Estudios de la Defensa Nacional (CESEDEN). 

En el ámbito universitario dirige su interés investigador y docente, en los últimos años, por los derechos fundamentales de las personas mayores y por los derechos culturales, el cine y la lectura. Anteriormente ha trabajado sobre seguridad y derechos y sobre partidos políticos y democracia participativa y representativa. Es autor de varios libros y artículos académicos sobre estos temas. 

Experto designado desde 2024 para la Comisión de Seguimiento del II Plan de Derechos Humanos del Gobierno de España. Codirige la Colección Cine y Derecho de la editorial Tirant lo Blanch. Miembro del Consejo Editorial de la Teoría y Derecho. Revista de Pensamiento Jurídico. Es patrono de la Fundación HelpAge International España. Ha sido director del Instituto de Derechos Humanos entre 2000 y 2023.
En la Administración Pública ha trabajado como Director General de Análisis y Políticas Públicas de la Presidencia de la Generalitat Valenciana, y ha ocupado los cargos de 
Director General de Relaciones Institucionales del Ministerio de Defensa, Secretario General Técnico del Ministerio de la Presidencia, y Director de Gabinete del Secretario de Estado del Ministerio de Justicia, todos ellos del Gobierno de España.